精益生产方式与六西格玛模式有相同点也有不同的地方：
1)文化方面。
两种生产模式都蕴含着追求完美的文化：精益生产以“尽善尽美”为目标;六西格玛提出的六西格玛标准也是一种近乎完美的质量目标。但两种生产文化起源不同，从而两种模式操作层次有许多不同。精益生产起源于日本的文化环境，而六西格玛起源于美国的文化氛围。欧美人的思想注重于逻辑分析，质量管理受泰勒管理思想的影响，强调专业化，质量管理由质量管理技术人员来完成，也就是专业技术人员制定技术标准、操作标准，操作人员按标准遵命干活。东方文化强调集体，寻求合群，注重寻求集体、社会的认同。日本专业化不强，连技术人员也在一个企业中轮换在设计、制作、质量管理等各种部门工作，他们强调以人为本，充分调动人的积极性。
2)战略出发点都与质量有密切关系。
精益生产方式是基于成本、质量和缩短提前期的生产方式。精益思想的第一项原则———确定价值，就是质量管理的范畴，其核心内容之一———JIT需要高质量管理水平作保证。六西格玛管理本身就是一种由质量管理而发展起来的管理模式，它以顾客满意为关注的焦点，充分运用了质量管理的各种工具，吸收和运用了现在质量管理理念。
3)运作管理模式。
它们的实施都与PDCA的模式大同小异，都是基于流程的管理。但精益生产采用系统的观点，基于价值增加流程来考虑整个生产链的管理，立足于整个生产系统的资源有效配置。精益生产强调现场的重要性，是一种基于现场改善管理的模式。而六西格玛是基于项目管理的模式，它通过DMAIC程序的实施，有计划有步骤地完成项目的目标，它采用的是自上而下的管理方式，由倡导者、黑带，到绿带、员工，一级级有机结合。
4)过程改进方式。
都采用连续改进的方式，两种模式都强调过程改进不是一次能够完成的，组织必须不断对业务流程诊断、改进。但两种模式中改进的方式不同。精益生产采用渐进的持续改善策略(Kaizen)，沿着既定技术的路径通过不断改进，提供更优质的产品或服务，它不需要大的投入。六西格玛管理强调突破性变革，要求每个项目都有突破性成就，能给组织带来巨大的财务效益，其投入也较大。
5)员工培训。
两种模式强调人员对过程改进的重要性，所以都注重人员的培训与管理，但侧重点不同。精益生产非常重视普通员工的培训，培训主要是通过“干中学”进行的，这样有助于员工现场技能的培养，精益生产通过轮岗培养使得员工取得多种技能。而六西格玛管理注重管理人员系统化的培训，强调黑带、绿带的作用，要求他们有较多的统计学知识和问题处理技能。
6)分析问题的方法不同。
精益生产强调现场专家的作用，现场出现问题，员工有权停止生产，处理问题，对员工的操作技能和现场处理问题的技能有较高的要求。六西格玛注重定量分析，通过对指标量化和分析，作出决策，避免凭经验解决问题。
7)关注对象各有侧重，但实现的目的相同。
精益生产方式关注的中心是消除浪费，通过消除浪费最大地发挥资源的效率。六西格玛关注的是变异它视波动为敌人，力求减少和消灭波动。消除浪费和减少变异都是以价值为目的，变异是产生浪费的一种途径，减少变异可以减少浪费。
通过对比可以看出精益生产和六西格玛管理在文化追求、战略基础、目的、过程改进方式、对人员的认识都是一致的;二者的区别主要是操作层上的区别，如分析问题的方法、员工培训的侧重点、运作模式等，但可以看出，这些不同并非是对立的，而是有互补的。